Jun Jin adalah anak sulung kepada penyanyi Charlie Park (Hangul: 찰리박), juga dikenal sebagai Park Young Chul (Hangul: 박영철), yang debut dengan album solo berjudul Casanova Sarang pada 2004. Jun Jin dilahirkan secara luar nikah dan kerana bantahan yang kuat dari keluarga ibunya, ibu bapa Jun Jin terpaksa berpisah, menyebabkan Jun Jin dibesarkan oleh neneknya. Bapa beliau berkahwin semula, namun bercerai semasa zaman remaja Jun Jin. Isteri ketiga bapanya terbukti seorang ibu yang penyayang dengan menjaga Jun Jin dan adik beliau seperti anak sendiri. Ibu tirinya juga berjaya mengesan ibu kandung Jun Jin dan menghubungkan mereka kembali. Walaupun mereka berdua tidak dapat berjumpa selalu, mereka berjanji untuk sentiasa berhubungan.